A direcção do IAM tem como competência: Dirigir, planificar, orientar e controlar todas as actividades do IAM para a integral execução das suas atribuições, fazendo cumprir as leis, regulamentos e outros diplomas legais;
O Conselho Geral do IAM é um órgão de consulta e apoio na programação e análise da execução dos regulamentos relacionados com as actividades do sector algodoeiro.
Este departamento tem funções de: Identificar, inventariar e manter uma base de dados actualizada sobre as associações camponesas que se dedicam à cultura do algodão;
Este Departamento de Classificação e Analise da Fibra tem como funções:
Elaborar e submeter a provação superior os regulamentos e normas técnicas inerentes a disciplina e cumprimento das tarefas atribuídas;
As funções de Departamento de Estudos e Projectos são de:
Colaborar com o Instituto de Investigação Agrária de Moçambique (IIAM), em trabalhos de investigação algodoeira;
O Departamento de administração e Finanças compete
Gerir os recursos humanos do IAM;
Responsabilizar-se pela cobrança e arrecadação das receitas do IAM;
As Delegações tem como funções:
Representar o IAM na província;
Acompanhar, apoiar e fiscalizar todas as actividades do sector algodoeiro da província sob a sua responsabilidade;